Modele bai 2017 mici

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L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32]. Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. Reçu: 17 octobre 2017; Accepté: 1er février 2018; Publication: le 7 mars 2018 le modèle de réseau est basé sur un examen bibliographique exhaustif qui se concentre sur les composantes essentielles de l`EIA, tel que précédemment réalisé par Ruiz-Cerdá et coll., dans leur approche pharmacologique des systèmes pour le lupus érythémateux [23]. Notre examen comprenait environ 620 documents publiés entre octobre 1984 et septembre 2017, mais les articles les plus courants examinés étaient de 2007 ou plus tard (76%). La recherche de la littérature pertinente a été faite par les termes des rubriques médicales (MeSH) en utilisant différents moteurs de recherche tels que PubMed, clinicaltrials.gov ou Google Scholar.

Les termes MeSH étaient axés sur la combinaison de mots clés et de mots libres, y compris: (i) les composants réseau pertinents (EJ. ” IL6 “) impliqués dans la pathogenèse de l`EIA, (II) les noeuds qui ont été signalés à être modifiés dans l`EIA (EJ. «IL6 et IBD») et (III) les noeuds affectant directement l`expression des noeuds sélectionnés en (i) et (II) (EJ. «DC ET IL6»). La sélection des noeuds internes a été effectuée en fonction des composants uprégulés rapportés chez les patients IBD ainsi que des noeuds (cellules du système immunitaire) qui sont nécessaires pour relier les noeuds uprégulés, qui ont été établis en tant que noeuds internes.

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